В загранпаспорте и билете —
София (Sofiia), Софья (Sofia)
«Соня» — уменьшительная форма имён
София и Софья.
В загранпаспорт, визу и авиабилет её не вносят: там стоит полное имя, записанное в паспорте.
Латинское написание уменьшительного нужно для переписки и соцсетей.